Il territorio di Baunei ha restituito notevoli testimonianze di frequentazione umana già a partire dal Neolitico, come frammenti ceramici provenienti da grotte e ripari sotto roccia, da strutture megalitiche e domus de janas.
Tra i siti più importanti spicca la “Grotta de su marinaiu” presso Cala Luna, in cui sono stati rinvenuti frammenti di selce e ossidiana e una ciotola in ceramica, e la “Grutta ‘e janas” caratterizzata da numerose incisioni rupestri raffiguranti simboli antropomorfi, animali e simboli astrali.
All’epoca nuragica risalgono maggiori testimonianze con un’occupazione capillare del territorio, che si esprime nella presenza di circa 120 siti nuragici, tra cui villaggi, nuraghi monotorri e complessi, tombe dei giganti, strutture cultuali, muraglie e opere megalitiche di incerta interpretazione, le cosiddette “as piscinas”, delle vasche semi-naturali nell’altopiano del Golgo nel Supramonte di Baunei.
Tra i numerosi nuraghi dell’altopiano citiamo il nuraghe “Coa ‘e Serra” con il suo villaggio e il nuraghe “Orgoduri” a breve distanza dalla chiesa campestre dedicata a San Pietro. Nelle vicinanze della chiesa si trova un betilo con protome antropomorfa, forse pertinente a una tomba dei giganti. Il betilo è un unicum nel panorama dell’archeologia sarda, proprio per la presenza del volto stilizzato.
Per quanto riguarda l’epoca punica e poi romana, le uniche testimonianze finora note riguardano la strada litoranea di epoca romana e le innumerevoli anfore ritrovate lungo la costa, unico segno superstite di un periodo caratterizzato da fiorenti commerci in tutto il Mediterraneo.