Il Museo si articola in quattro piani espositivi: Piano Terra, Primo Piano, Secondo Piano, Terzo Piano.
Tra il Primo piano espositivo ed il Secondo piano è presente un mezzo piano lo “Spazio didattico”, in cui si svolgono attività didattiche e conferenze.
Il terzo piano dal 2014 ospita una parte delle sculture di Mont’e Prama.
